Brunnenwasser kann microbiologisch belastet sein. Das sollte von einem chemischen Untersuchungslabor vorher geprüft werden. Geprüft wird z.B. nach Coliforme Keime, Escherichia coli und Enterokokken. Je nach Brunnentiefe und ob ein Bauer sein Feld in unmittelbarer Nähe düngt, kommen diese Keime häufiger oder gar nicht vor. Chlor tötet diese Keime zwar ab, aber vielleicht möchte nicht jeder Poolbesitzer das Brunnenwasser für sich nutzen. Daher sollte dies vorher abgeklärt werden. Manche Poolbesitzer füllen den Pool bei Saisonbeginn mit Leitungswasser und füllen mit Brunnenwasser nach z.B. nach einem Rückspülvorgang.